각막은 그 중심두께가 평균 0.53㎜(530㎛)정도 되는데, 이 중에서 약 130~160㎛ 두께의 각막 앞 부분을 미세각막절개도를 사용하여 잘라내어 각막뚜껑을 만듭니다. 그런 다음 각막 뚜껑을 젖혀 놓고 컴퓨터에 미리 입력해 놓은 근시, 난시, 원시의 도수만큼 엑시머레이저로 각막기질을 깎아냅니다. 그리고 각막뚜껑을 제자리에 덮고 세척, 건조시키면 수술이 끝납니다. 근시를 교정할 때는 각막의 중심부를 더 많이 깎아 각막을 좀더 평평하게 만들고 원시를 교정할 때는 각막의 주변부를 더 많이 깎아 각막을 좀더 볼록하게 만듭니다.